سازمان‌های امدادی بشردوست در جریان انجام فعالیت‌های بشردوستانه خود در شرایط مخاطره‌بار مخاصمات مسلحانه،‌ با چالش‌های بسیاری مواجه هستند. برخی از این چالش‌ها به کلیت قواعد حقوق بشردوستانه باز می‌گردد‌ که تنظیم نحوه فعالیت امدادگران خود جزئی از این قواعد است، اما بخش دیگر از این چالش‌ها، ناشی از فضای جدید حاکم بر فعالیت سازمان‌های امدادی بشردوست می‌باشد که سیمای مخاصمات مسلحانه کنونی را کاملاً دگرگون کرده است. گسترش کمّی این نهادهای بشردوست نیز خود چالش‌هایی را به وجود آورده است که از جمله آن‌ها می‌توان به دشواری برقراری هماهنگی در فعالیت امدادی، دوباره‌کاری‌ها و هدررفت منابع و ایجاد اختلال در فعالیت‌های بشردوستانه، اشاره نمود. این چالش‌ها به طور کلی از یکسو با در نظرداشتن ویژگی مخاصمات، به موقعیتی باز می‌گردد که عملیات بشردوستانه در آن صورت می‌گیرد و از سوی دیگر به تنوع در سنخ‌بندی انواع سازمان‌های امدادی ارتباط می‌یابد. چالش‌هایی که آن‌ها در جریان کمک‌رسانی به بیماران و مجروحان مواجه هستند، شامل تعرض و حمله به گروه‌های امدادی،‌ عدم امکان برقراری هماهنگی در عملکرد گروه‌های امدادی مختلف‌ در شرایط بروز بحران‌های انسانی، عدم امکان امدادرسانی مؤثر به منطقه بحران‌زده است که نهایتاً سازمان‌های بشردوست را در دستیابی به هدف اصلی خود، یعنی برطرف‌کردن نیازهای مردم ساکن در منطقه بحران‌زده با دشواری مواجه کرده است.