اختلال هویت جنسی، تشخیص رسمی پزشکان و روانشناسان است که برای توصیف شخصی به کار می‌رود که به طور جدی از جنسیتی که در زمان تولد دارا بوده و یا نقش جنسی‏ای که جامعه برای او در نظر گرفته‏، ناراضی است. در مورد عوامل زیستی و محیطی مؤثر در این پدیده، نظریات متعددی وجود دارد. همچنین در مورد مشروعیت عمل تغییر جنسیت اتفاق نظر وجود ندارد. کشورهای متعددی، طی قوانین اساسی و عادی خود حقوق افراد دچار اختلال جنسی را بر برابری و منع تبعیض بدون تفکیک بر مبنای جنسیت و هویت جنسی پیش‏بینی نموده‏اند. در حقوق ایران تصویب قوانین در خصوص حقوق اشخاص مبتلا به اختلال هویت جنسی با فرآیند به رسمیت‌شناختن افراد دارای هویت جنسی متفاوت از جنس زن و مرد کمک شایانی خواهد کرد. نویسندگان در این مقاله می‏کوشند پس از بررسی انواع اختلال‌های هویت جنسی، عوامل زیست‌شناختی (ژنتیکی و غیر ژنتیکی) و محیطی مؤثر بر این اختلال را بررسی نموده، سپس دیدگاه‏های فقهی موجود در مورد مشروعیت یا عدم مشروعیت تغییر جنسیت را بیان نمایند. حقوق اشخاص دچار اختلال هویت جنسی پس از تغییر جنسیت آخرین موضوعی است که به آن اشاره می‏شود.